Klášterní kostel Nanebevzetí Panny Marie byl postaven v letech 1695 - 1700. V roce dokončení byl do kostela přinesen milostný obraz P. Marie Sněžné (podle originálu z římského chrámu Santa Maria Maggiore, o němž se věřilo, že ji namaloval evangelista svatý Lukáš), který se stal srdcem poutního místa, a Lysá hora dostala nové jméno – Hora Matky Boží.
V noci ze 7. na 8. srpna 1846 udeřil do kostela blesk a ten vyhořel. Milostný obraz zachránil P. Bernard s nasazením vlastního života, ale výzdoba poutního kostela z velké části vzala zasvé. Kostel byl po požáru vybaven hodnotným pseudorenesančním mobiliářem z let 1883-1907. Úpravu celého interiéru kostela provedla firma Ferdinanda Stuflessera ze St.Ulrich - Grödental v jižním Tyrolsku. Sochy a oltáře jsou vyřezávány z limbového dřeva.